生理時鐘透過來自腎上腺的皮質醇（cortisol）與來自松果體的褪黑激素（melatonin）兩種荷爾蒙的相互消長來調控生理時鐘的節律。
陽光中的藍光、UVA、UVB可以透過視網膜的黑視素吸收，經由視神經交叉上核（SCN），阻止松果體分泌促進睡眠的褪黑激素；另外，身體也可以透過皮膚接收藍光、UVA，啟動皮質醇的製造。
身體得知時間的重要荷爾蒙：皮質醇、褪黑激素
腎上腺的皮質醇大約在清晨6點開始分泌，到早上9點為最高峰，之後隨著時間推移慢慢的減少，到晚上9點為最低谷。與其相對應的松果體分泌褪黑激素，在白天受到抑制，到晚上大約9點啟動分泌，大約2～3小時後進入高峰期，隨後慢慢減少到清晨6點左右的低谷。
身體藉著皮質醇與褪黑激素的分泌，得知時間訊號；整個過程，主要透過眼睛視網膜下半部的自發性感光視網膜神經節細胞（ipRGC）黑視素，接收藍光與UVA訊號來進行調控。
當黑視素接收到來自眼球視野上方的藍光與UVA光線後，視神經將訊號傳至視交叉上核（SCN），此時視交叉上核（SCN）立即抑制松果體分泌褪黑激素。
兩大因素影響生理時鐘：光線與重力
視交叉上核（SCN）在生理時鐘的調控中，扮演關鍵樞紐的角色，而視交叉上核不僅接收光線的訊號，同時也接收了來自前庭神經系統重力的訊號。
日常生活中，小嬰兒在搖晃的搖籃中能快速的穩定情緒，並且進入睡眠；或是在行駛的公車上，持續晃動很容易使人打瞌睡。這些都是由於感知頭部位置變化的內耳前庭系統受到刺激，經由視交叉上核（SCN）迴路而啟動的睡眠機制。
來自地球重力刺激的訊號，會藉由前庭神經核直接調控視交叉上核（SCN），啟動睡眠中樞使人入睡，同時增加了視交叉上核的敏感度，達到生理時鐘正常化的目的。
對於現代人的日常生活，大部分是處於靜態活動，比較少有身體的活動產生頭部位置重力變化的機會，因此前庭內耳系統調控視交叉上核（SCN）迴路較少受到刺激而退化，容易因而導致生理時鐘失調的現象。
當時鐘基因喪失功能，腸漏症找上門
2017年，三位諾貝爾生醫獎得主，分別是傑弗里．康納．霍爾（Jeffrey C. Hall）、麥可羅斯巴希（Michael Rosbach）和麥可楊（Michael W. Young），以果蠅作為實驗對象，比較生理時鐘異常與正常的果蠅，發現只要特定一組基因異常，就會直接影響生理時鐘的規律性，因此將這組基因命名為時鐘基因（cyclic clock gene，簡稱CLK），也因此確認了細胞確實有調控生理時鐘的時鐘基因存在。
地球上大多數的生物體內，都有著一個看不見的生理時鐘，隨着地球的晝夜光線變化，調整體內各種的生理變化。光線變化影響時鐘基因，進而影響全身的細胞。
時鐘基因比較像是交響樂團指揮，讓樂團的所有成員依循指令，演奏出和諧的樂曲。當時鐘基因喪失功能時，就像樂團失去指揮，雖然團員還是能彈奏出樂曲，但是就容易出現搶拍、互相干擾、混亂而不協調。
近來科學家在動物實驗中，將老鼠連續4星期，24小時不間斷的照明，與間隔12小時的照明方式，發現那些24小時持續照明的老鼠，不僅生理時鐘混亂，而且腸道環境明顯變差。顯示生理時鐘與腸道健康有很強的關聯性，當時鐘基因喪失功能後，會直接導致腸漏症。
這項研究指出，日常飲食中的毒素、病菌、病毒都會使腸道受損，要完整的修復腸道大約需要2～5天的時間，而這些細胞修復啟動的訊號，受到時鐘基因的影響。當缺乏日照或是夜間接收過多的藍光，都會導致時鐘基因無法正常運作，阻礙了腸道修復，致使小腸產生漏洞，形成腸漏症。
當小腸因此有漏洞時，身體就失去了第一道防線，病毒、細菌、毒素就輕易透過吸收進入了血液循環，導致後續諸多的連鎖反應，例如自體免疫疾病、大腦退化等等。
不僅僅是光線，也有越來越多的研究顯示缺乏重力刺激，造成生理時鐘混亂，導致腸道無法在夜間進行自我修復功能，直接影響消化道的健康，甚至引起腸躁症。背後主要的原因都是由於生理時鐘遭到破壞所引起的消化道疾病。
調整生理時鐘的具體作法
從前述分享的內容得知，生理時鐘是擁有健康消化系統的重要關鍵。以下將介紹調整生理時鐘具體作法，簡單來說就是學習日行性動物的生活作息：
1.曬太陽：要選擇早上9點前的太陽和下午4點後的陽光。
2.早晨不建議佩戴太陽眼鏡：早晨避免佩戴太陽眼鏡，會阻礙光線進入眼睛。
3.入夜後避免人造光源：太陽下山後，盡可能避免人造光源，例如日光燈、LED燈等。
4.晚餐最好在天黑前吃完：晚餐盡可能在日落前完成，睡前3小時避免飲食。
5.晚上最好避開天花板由上而下的照明：夜晚避免來自眼球上方的照明，例如天花板。光源盡量來自地面由下而上，減少光線激發位於視網膜下半部ipRGC的黑視素。
6.避免半夜開燈：盡可能保持在沒有任何光源、全黑的狀態，避免半夜開燈，如果要開燈上廁所，建議使用紅色或是橘色小夜燈，並且盡可能接近地板。
7.室內夜間照明建議使用紅光或去藍光模式：太陽下山後建議將室內照明改為紅光，或是使用去藍光模式。
8.長期室內工作者可利用不同程度去藍光眼鏡調整生理時鐘：
黃色鏡片可以阻擋50%～75%的藍光，在白天室內人造光源環境下佩戴，或是在晚上開車時可以阻擋對向來車的車頭燈照射。
橘色鏡片可以阻擋90%的藍光，不建議在白天使用阻擋太多藍光，會造成白天精神不佳想睡覺，建議在日落以後剛入夜的時段到睡前30分鐘使用。
紅色鏡片能夠阻擋100%打亂生理時鐘的藍光、綠光、紫光，建議睡前30分鐘佩戴。
本文摘自
《解密粒線體：李政家博士的健腦科技養生法》
美國脊骨神經醫學博士 李政家 / 新自然主義
